Dywizjonie w Egipcie, Warburton został skierowany do 2. Jednostki Rozpoznania Fotograficznego (No. 2. P.R.U.) w Heliopolis pod Kairem. Latał tam na jednym z dwóch zmodyfikowanych do celów rozpoznawczych ciężkich myśliwców Bristol Beaufighter, na których działka 20 mm zastąpiono kamerami. 29 grudnia 1941 oba Beaufightery wraz z Warburtonem przebazowano na Maltę, w owym czasie intensywnie atakowaną przez lotnictwo niemieckie. Oba samoloty rozpoznawcze podporządkowano dowodzącemu na wyspie siłami powietrznymi wicemarszałkowi lotnictwa Hugh Pughe Lloydowi i intensywnie wykorzystywano. Głównymi celami rozpoznania były porty włoskie oraz w libijskim Trypolisie i lotniska na Sycylii. Wykrywały one m.in. konwoje z zaopatrzeniem dla sił Osi w Afryce Północnej, które następnie mogły być przechwytywane przez marynarkę brytyjską oraz rozpoznawał działania włoskiej floty. Po sześciu tygodniach od przybycia Warburton został odznaczony Orderem Wybitnej Służby (Distinguished Service Order). Zyskał uznanie i szacunek personelu latającego i naziemnego, przy czym zastrzeżenia niektórych oficerów budziło zbyt bezpośrednie i przyjacielskie traktowanie przez niego podoficerów. Nie przywiązywał też większej wagi do regulaminowości swojego wyglądu i munduru.