W marcu 1942 roku Warburton został skierowany z Malty ponownie do Heliopolis na odpoczynek.
Wkrótce zaczął wykonywać z Heliopolis loty rozpoznawcze na samolotach Supermarine Spitfire PR IV i Bristol Beaufighter przeciw celom na wyspach greckich, m.in. Rodos. W sierpniu 1942 roku ponownie został skierowany na Maltę, obejmując tam dowództwo 69. Dywizjonu rozpoznawczego, w stopniu majora (Squadron Leader). Brał udział m.in. w działaniach związanych z dużą operacją dostarczenia zaopatrzenia dla Malty (kryptonim Pedestal, 10–15 sierpnia 1942).
W październiku 1942 roku został po raz trzeci odznaczony krzyżem DFC. 15 listopada został zestrzelony przez myśliwce lecąc Spitfire’em PR IV nad Tunezją, lecz zdołał wylądować uszkodzonym samolotem na niedawno zdobytym lotnisku w Bon, po czym okrężną drogą przez Gibraltar i różnymi okazyjnymi samolotami powrócił na Maltę. Otrzymał następnie awans na podpułkownika (Wing Commander).
8 lutego 1943 roku eskadra B 69. Dywizjonu została przeformowana w 683. Dywizjon rozpoznania fotograficznego, wyposażony w Spitfire’y, którego dowódcą został Warburton.