Ppłk Pfeiffer uniknął niewoli i kontynuował dalszą walkę w konspiracji. W październiku 1939 r. został skierowany do Łodzi, na stanowisko zastępcy dowódcy tamtejszego Okręgu Służby Zwycięstwu Polski. Nim jednak zdołał rozpocząć pracę, gestapo znalazło się na jego tropie. Rodowity łodzianin, pochodzący ze znanej rodziny, nie miał szans działania na terenie wcielonym do Rzeszy i gęsto nasyconym ludnością niemiecką. Zagrożony aresztowaniem, 20 listopada 1939 wrócił do Warszawy. Pod pseudonimem „Wilhelm”, a następnie „Gustaw” podjął pracę w Oddziale Organizacyjnym Służby Zwycięstwu Polski. Zajmował się rozpoznawaniem i rozpracowywaniem powstających masowo organizacji konspiracyjnych.

Wkrótce nastąpiły wydarzenia, które wytrąciły ppłka Pfeiffera z pracy w KG SZP. Najpierw Służba Zwycięstwu Polski została przekształcona z ZWZ. Potem nadszedł z Paryża rozkaz polecający odsunięcie od poważniejszych stanowisk oficerów wywodzących się z Legionów. Było to następstwo dojścia do władzy stronnictw politycznych wrogich sanacji. Brały odwet za minione lata, przeprowadzając czystkę personalną. Widząc czystkę w Komendzie Głównej i w Okręgach, ppłk Pfeiffer usunął się sam. W lutym 1940 pod pseudonimem „Kotecki”, a następnie „Radwan” rozpoczął pracę nad organizacją Grupy Wojsk Polskich „Edward”.