Od 5 do końca września 1939 dowodził zgrupowaniem na tyłach Wehrmachtu w Lasach Przysuskich.
Działalność konspiracyjna Po zakończeniu kampanii wrześniowej przybył do Warszawy i podjął działalność konspiracyjną w SZP, a następnie ZWZ i AK. W czasie okupacji posługiwał się fałszywymi dokumentami wydanymi na nazwisko inż. Tadeusza Pawłowskiego. W latach 1940–1941 komendant Okręgu Lubelskiego ZWZ. Rozpracowany przez tamtejsze Gestapo powrócił do Warszawy i objął funkcję szefa sztabu KG ZWZ-AK (lipiec 1941 – październik 1944). Jednocześnie, od lipca 1943, był zastępcą komendanta głównego AK. 1 października 1943 mianowany przez Naczelnego Wodza na stopień generała brygadyW niektórych publikacjach, jako datę awansu podaje się 24 listopada 1943.. Dowodził akcjami sabotażowymi przeprowadzanymi przez oddziały Kedywu wymierzonymi w niemiecką machinę wojenną (m.in. przerwania kilku linii kolejowych). 29 lipca 1944 na pytanie generała Tadeusza Pełczyńskiego o ocenę sytuacji przed wybuchem powstania warszawskiego Jan Nowak-Jeziorański powiedział: Tadeusz Pełczyński odpowiedział: 21 lipca 1944 razem z generałem Leopoldem Okulickim wystąpił z wnioskiem do generała Komorowskiego, by wywołać w Warszawie powstanie.