Jego syn Krzysztof Pełczyński ps. „Kasztan”, żołnierz pułku AK „Baszta”, został ciężko ranny w drugim dniu powstania warszawskiego, podczas natarcia na koszary SS i niedługo potem zmarł w szpitalu.
Tadeusz Pełczyński w czasie powstania warszawskiego został ciężko ranny podczas bombardowania gmachu PKO przy ul. Świętokrzyskiej (4 września 1944), przez co przestał pełnić funkcję szefa sztabu KG AK. Po upadku powstania trafił do niemieckiego obozu w Langwasser, a następnie do IV C Colditz.
Na emigracji 185px|mały|Od lewej: Tadeusz Pełczyński, gen. Tadeusz Bór-Komorowski, Adam Pragier, gen. Antoni Chruściel, konferencja w Londynie, 19 maja 1945 Po wyzwoleniu obozu przez aliantów w 1945 trafił do Londynu i został wyznaczony na stanowisko szefa Gabinetu Naczelnego Wodza. Na emigracji działał od grudnia 1945Generałowie II Rzeczypospolitej, s. 211. jako przewodniczący Komisji Historycznej AK przy Sztabie Głównym w Londynie (do 1947). Aktywny działacz organizacji kombatanckich związanych z AK – współzałożyciel, a w latach 1956–1969 przewodniczący Rady Studium Polski Podziemnej. W ostatnich latach życia prowadził z żoną Dom Kombatanta „Antokol” w Chislehurst pod Londynem, w którym mieszkało wielu wybitnych Polaków. Pochowany został w Londynie.