Sytuacja polityczna doprowadziła do upadku prawicowej Polonii, która rozwiązała się w lutym 1949 r. Część sportowców Polonii została wcielona do Gwardii Bydgoszcz. Pod tą przymusowo zmienioną stalinowską nazwą klub występował do „odwilży politycznej” w 1956 r., kiedy to dzięki obecności w swoich szeregach wielu polonistów zmienił nazwę na Polonia.
BKS przez 7 lat grał w I lidze, 11 lat piłkarze Polonii grali w II lidze. W 1980 roku Polonia zdobyła Mistrzostwo Polski w piłce nożnej w kategorii juniorów. W BKS-ie grali m.in. Marian Norkowski (Igrzyska Olimpijskie w Rzymie – 1960, król strzelców ekstraklasy 1960), Henryk Szczepański „Burza” (wychowanek klubu), Józef Boniek (ojciec Zbigniewa), Janusz Turowski (później grał w Pogoni, Legii i na zachodzie Europy), Maciej Kamiński (później grał m.in. w Lechii Gdańsk – również w meczach Lechii z Juventusem jesienią 1983 r.). Ostatni znany piłkarz grający w swoim czasie w Polonii to Grzegorz Mielcarski.
W sezonie 1960 Polonia zajęła w ekstraklasie piłkarskiej 5. lokatę i była to najlepsza pozycja pomorskiego klubu w I lidze do 1989 roku, gdy to Zawisza ze Stachurskim i Piotrem Nowakiem zajął w ekstraklasie 4. miejsce.