W 1980 roku juniorzy Polonii Bydgoszcz spotkali się w finale w Toruniu z BKS-em Stal Bielsko-Biała, którą pokonali 2:0 (1:0) i zdobyli tytuł mistrza Polski juniorów. Skład Polonii: Urbaniak, Michniewicz, Drozdowski, Wawrzyniak, Rzechuła, Ziółkowski (Skowroński), Pietrzykowski, Stosik, Bogdziński, Rybka, Błaszczyk (Świderski)Hałys Józef, 1986, Polska piłka nożna almanach, Krajowa Agencja Wydawnicza, Kraków, s. 314, .. W 1984 r. w tych samych rozgrywkach juniorzy Polonii zdobyli wicemistrzostwo Polski, ulegając w finale Ruchowi Chorzów (dwumecz: w Chorzowie 1:0 dla Niebieskich, w Bydgoszczy 1:1)
Reaktywowana w 2003 roku drużyna grała w sezonie 2005/2006 w klasie A. Po wygranym barażu z drużyną Unisłavia Unisław awansowała do klasy okręgowej i w tej klasie rozgrywkowej występowała do sezonu 2011/12, w którym uzyskała awans do IV ligi, od tego czasu balansując pomiędzy tymi dwoma klasami rozgrywkowymi. Od sezonu 2023/2024 zespół Polonii występuje w rozgrywkach IV ligi kujawsko-pomorskiej.