W praktyce bezpieczeństwo karagenu wiąże się z jego masą cząsteczkową (w uproszczeniu: „długością łańcucha” polisacharydu). Im większa masa cząsteczkowa, tym trudniej takiej cząsteczce przenikać przez ; natomiast krótsze fragmenty (frakcja niskocząsteczkowa) mogą zachowywać się inaczej i potencjalnie łatwiej wchodzić w kontakt z nabłonkiem jelitowym. W reewaluacji z 2018 roku EFSA odnotowano, że w badaniach na zwierzętach wysokocząsteczkowy karagen jako taki nie był wchłaniany, natomiast po podaniu materiału o znacznie niższej masie cząsteczkowej wykrywano go w tkankach, co podkreśla znaczenie kontrolowania udziału frakcji niskocząsteczkowej w preparatach.
Z tego powodu w specyfikacji dla dodatku E407 w UE wprowadzono limit: udział frakcji o masie cząsteczkowej poniżej 50 kDa nie powinien przekraczać 5%. EFSA wskazał jednocześnie na potrzebę dalszego precyzowania specyfikacji i metod oznaczania tej frakcji (m.in. ze względu na ograniczenia dostępnych metod analitycznych i brak pewności, czy każda partia surowca faktycznie spełnia ten warunek). W 2018 roku zwrócono ponadto uwagę na braki w wiedzy o „losie” karagenu w przewodzie pokarmowym (np. w jakim stopniu może dochodzić do jego rozpadu na krótsze fragmenty w procesie trawienia i w jaki sposób wpływa to na kontakt z nabłonkiem jelitowym).