Jako zwierzchnik diecezji przeprowadził synod diecezjalny (1496), doprowadził do nominacji pierwszego stałego biskupa pomocniczego Jana Wildego, mianował także pierwszego archidiakona kapituły warmińskiej (1502) – Jana Scultetiego. W 1497 mianował kanonikiem warmińskim swojego siostrzeńca Mikołaja Kopernika (potem wprowadził do kapituły także brata Mikołaja, Andrzeja), nad którym roztoczył opiekę.
Podpisał konstytucję Nihil novi na sejmie w Radomiu w 1505 roku. Jako komisarz królewski 18 września 1506 roku ogłosił statut Prus Królewskich.
Watzenrode zmarł w Toruniu w czasie podróży powrotnej z zaślubin króla Zygmunta z Barbarą Zapolya. Kapituła nie spełniła woli zmarłego i nowym biskupem wybrała Fabiana Luzjańskiego.
Upamiętnienie Jego imieniem nazwany jest jeżdżący po Toruniu tramwaj Pesa Swing o numerze bocznym 309.
Przypisy Akta unji Polski z Litwą, 1385–1791, wydali Stanisław Kutrzeba i Władysław Semkowicz, Kraków 1932, s. 121. Akta unji Polski z Litwą, 1385-1791, wydali Stanisław Kutrzeba i Władysław Semkowicz, Kraków 1932, s. 136. Halina Hofmanówna, Dekret elekcyjny króla Aleksandra z dn. 3 października 1501 roku,w: Przegląd Historyczny, Tom 17, Numer 1 1913, s. 95. Karol Górski, Łukasz Watzenrode : życie i działalność polityczna (1447–1512), Wrocław 1973, s. 80. Volumina Legum, t. I. Petersburg 1859, s.