Początkowo uchodzący za zwolennika niezależności Warmii od Polski (podobnie jak Tungen), z czasem dążył do uściślenia związków między tymi ziemiami, a ograniczenia roli Gdańska, stanów pruskich oraz przede wszystkim zakonu krzyżackiego. W Kurii Rzymskiej podważał prawne podstawy istnienia zakonu, podejmował także starania (wspólnie z Filipem Kallimachem) o przeniesienie Krzyżaków na Podole, aby tam walczyli z niewiernymi, a Prusy Krzyżackie przyłączono do Korony. Widział jako swojego następcę osobę blisko związaną z Polską (np. Jana Oleśnickiego lub Rafała Leszczyńskiego).
Opinii biskupa nie podzielała w większości kapituła warmińska; współpraca kanoników z biskupem nie układała się, obok innych poglądów na przyszłość Warmii pewnym czynnikiem był apodyktyczny charakter Watzenrodego, który nie znosił sprzeciwu.
Był mecenasem sztuki, kościoły Warmii zawdzięczają mu wiele cennych dzieł, ołtarzy, kielichów, szat liturgicznych; zgromadził pokaźny księgozbiór, inicjował druk pierwszych na Warmii ksiąg liturgicznych, miał w planach powołanie uniwersytetu w Elblągu.