18 maja 1489 wybór Watzenrodego zatwierdził papież Innocenty VIII; w czerwcu tego samego roku Watzenrode przybył w przebraniu księgarza na Warmię i objął rządy w diecezji. Sakrę przyjął przed 1 czerwca 1489 roku. Zyskał poparcie stanów pruskich, wielkiego mistrza zakonu krzyżackiego oraz części duchowieństwa polskiego; król Kazimierz zmarł w 1492, nie przyjmując do łask biskupa do końca życia. Watzenrode pojednał się jednak z jego następcą, Janem Olbrachtem i złożył hołd w 1494. Był doradcą króla, a także kolejnych panujących – Aleksandra i Zygmunta Starego. 6 maja 1499 roku podpisał w Krakowie akt odnawiający unię polsko-litewską. Był sygnatariuszem unii piotrkowsko-mielnickiej w 1501 roku. Podpisał dekret elekcyjny Aleksandra Jagiellończyka na króla Polski 3 października 1501 roku.