Niedługo jednak zespół nosił nazwę "The Rose", ponieważ w dość krótkim czasie nazwa została przemianowana na Purgatory. Jednak i ta nazwa wymagała zmiany. Okazało się, iż istnieje już zespół o tej nazwie i Jon postanowił ją zmienić. Wieloletni, bliski przyjaciel Schaffera – Bill Blackmon zginął w wypadku, a że zawsze proponował nazwę Iced Earth Jon postanowił uczcić pamięć Billa nadając taką właśnie nazwę swojemu zespołowi. Później powstała także piosenka, specjalnie dedykowana Blackmonowi, o wymownym tytule "Watching Over Me". Ballada ta zyskała spore uznanie wśród fanów grupy Iced Earth.
Schaffer znany jest ze swego perfekcjonizmu, często zmienia muzyków, którzy jego zdaniem przestawali się naprawdę udzielać w grupie. W związku z tym, iż charakteryzuje go duża znajomość, wręcz miłość do historii (zwłaszcza historii Ameryki), wiele uwagi przykłada poglądom jakie prezentują muzycy współpracujący wraz z nim w zespole. Przez poglądy właśnie z zespołu został wyrzucony jeden z wokalistów - John Greely, który to był rasistą, a Jon jest między innymi takim poglądom bardzo przeciwny. Schaffer najpierw próbował pokazać jak negatywny jest taki sposób patrzenia na ludzi i świat. Podczas trasy koncertowej w Niemczech zabrał Greely’ego w miejsca obozów koncentracyjnych.