Miał nadzieję, iż i Greely'iemu znajomość historii zmieni światopogląd. Jednak gdy wokalista pozostał przy swoich racjach, Schaffer postanowił oddalić go z zespołu.
Styl Dla Schaffera charakterystyczne są riffy, zagrywki przypominające pewnego rodzaju galopade, i tempo wręcz jazdy konnej. Duży wpływ na jego styl gry miał zespół Iron Maiden, którego jest fanem, jednak gra Jona jest szybsza i ostrzejsza. Nie zatraca jednak swego rodzaju klimatu utworów. Częste zmiany tempa, melodyka i kompozycje jakie tworzy nadają specyficznego klimatu jego utworom. W 2008 roku został nominowany do tytułu Lorda Riffu, uznawany za jednego z najlepszych gitarzystów rytmicznych. Umiejętnie łączy ciężar, mroczność z łagodnymi często akustycznymi i delikatnymi zagrywkami.
Jon gra również na basie i tworzy niektóre solówki. Podkład basowy stworzył i zagrał na nowej wersji trylogii "Something Wicked", która została zarejestrowana na singlu o tytule "Overture of the Wicked".
Inne Prócz muzyki Schaffer zajmuje się sprzedażą gadżetów historycznych. Ma sklep o nazwie "Spirit of '76 Collectibles" w Columbus, w stanie Indiana.