Wiosną 1992 roku Motyka przeszedł do innego krakowskiego zespołu - Cracovii. Pasy były wówczas pogrążone w wielkim kryzysie, w klubie brakowało nawet wody. Zawodnicy trenowali na obiektach mniejszych klubów, nie płacono im przez wiele miesięcy żadnych pieniędzy. Mimo silnego zespołu, wyniki były słabe i Cracovia spadła do trzeciej ligi. Motyka krakowską drużynę opuścił latem 1993 roku.
Marek Motyka kontynuował później swoją karierę w Kalwariance Kalwarii Zebrzydowskiej, Garbarzu Zembrzyce i Rabie Dobczyce.
Kariera reprezentacyjna Marek Motyka zadebiutował w barwach narodowych 17 lutego 1980 roku w przegranym 0:1 meczu z reprezentacją Maroka. Łącznie wystąpił w ośmiu spotkaniach. Wszystkie odbyły się w 1980 roku. l.p.Data Miejsce Przeciwnik Rezultat Rozgrywki Grał Uwagi1.17 lutego 1980Marrakesz 0-1 towarzyski od 70' 2.27 lutego 1980Bagdad 1-1 towarzyski 90' 3.29 lutego 1980Bagdad 0-1 towarzyski od 4' 4.26 marca 1980Budapeszt 1-2 towarzyski 90' 5.2 kwietnia 1980Bruksela 1-2 towarzyski 90' 6.13 maja 1980Frankfurt nad Menem 1-3 towarzyski od 18' 7.2 lipca 1980Santa Cruz de la Sierra 1-0 towarzyski 90' 8.19 listopada 1980Kraków 5-1 towarzyski od 46'