Kariera trenerska Marek Motyka w 1993 roku podpisał kontrakt z Kalwarianką. W tej drużynie został grającym trenerem. Awansował z nią do III ligi. W 1996 roku opuścił klub i przeniósł się do Garbarza Zembrzyce, gdzie również objął posadę grającego trenera. Dwa lata później, na pół roku trafił do II-ligowego WKS Wawel. W sierpniu 1999 roku podjął pracę w V-ligowym KS Raba Dobczyce. Miesiąc później został trenerem Hutnika Kraków. Na początku stycznia został zatrudniony w BKS-ie Bochnia. Pół roku później został trenerem rezerw Wisły Kraków.
1 lipca 2002 roku Marek Motyka podpisał roczny kontrakt z beniaminkiem piłkarskiej Ekstraklasy – Szczakowianką Jaworzno. Pierwszy mecz w najwyższej klasie rozgrywkowej drużyna Motyki zremisowała u siebie 1:1 z Wisłą Kraków. Po rundzie jesiennej Szczakowianka zajmowała dziesiąte miejsce w tabeli, jednak po trzech porażkach z rzędu wiosną (w tym z Dyskobolią Grodzisk Wielkopolski 0:5) Motyka został zwolniony. Po odejściu z Jaworzna pracował w Tłokach Gorzyce. Został zwolniony po przegranych barażach z Radomiakiem.