W styczniu 1583 przyjechał do Krakowa (14 stycznia otrzymał formalnie dokumenty związane z powierzonym mu wcześniej starostwem marienburskim), między innymi w sprawie konstytucji dla Inflantkonstytucja przyznawała równouprawnienie Kościołów – katolickiego i luterańskiego, pomimo to spotykała się ze sprzeciwami mieszkańców Inflant; dodatkowo protestował przeciw niej także biskup Radziwiłł, toteż król Pękosławskiemu polecił jej ogłoszenie na sejmiku w mieście Kieś (dziś Cēsis na Łotwie, niem. Wenden). W tym samym roku doprowadził do końca rewizję dóbr szlachty inflanckiej, sporządzając ze swojej i swoich komisarzy pracy obszerne sprawozdaniesprawy własnościowe w Inflantach były pod pieczą Pękosławskiego także i w późniejszych latach. Latem tego samego roku doszło do zatargu polsko-duńskiego o biskupstwo w Piltyniu. Pękosławski dowodził oddziałami skierowanymi w rejon Piltynia na polecenie biskupa Radziwiłła przeciw Duńczykom i siłom miejscowym. Otrzymawszy od króla rozkaz wycofania się zarządził odwrót, podczas którego zmuszony był jednak przyjąć 8 sierpnia jeszcze jedną potyczkę z próbującymi go zaskoczyć Duńczykami;