Tym razem w finale Pucharu Chorwacji Croatia zagrała z zespołem NK Varteks, który dwukrotnie pokonała 2:1 i 2:0. Jurić wystąpił w tym sezonie na boisku 23 razy, nie umieszczając piłki w bramce ani jednego razu. I tym razem nie udało się awansować do Ligi Mistrzów, pomimo wygranej w rundzie eliminacyjnej z Partizanem Belgrad 0:1 i 5:0. W drugiej rundzie natrafili jednak na angielski Newcastle United i przegrali 1:2 i 2:2. Sezon 1998–1999 nie był już tak fenomenalny dla Croatii, chociaż podtrzymali wspaniałą serię mistrzostw zdobytych z rzędu, bowiem Croatia sięgnęła po tytuł 4 razy z rzędu, ale już nie z tak olbrzymią przewagą jak dawniej – teraz bowiem wicemistrzostwo kraju, zespołowi NK Rijeka do końcowego triumfu zabrakło jednego punktu. Croatia nie wystąpiła w finale Pucharu Chorwacji, odpadając w ćwierćfinale z późniejszym triumfatorem tych rozgrywek, zespołem NK Osijek. Jurić w barwach klubu wystąpił w tym sezonie aż 25 razy, ponownie nie wbijając przeciwnikom żadnego gola. Niepowodzenia w Pucharze Chorwacji, Dinamo całkowicie odbiło sobie awansem do Ligi Mistrzów, który osiągnął po wyeliminowaniu szkockiej drużyny Celtic Glasgow pierwszy mecz przegrywając 0:1 ale u siebie wygrywając 3:0.