Pozostałe ośrodki Apostolskiego Kościoła Ormiańskiego unię odrzuciły, a na fali sprzeciwu wobec niej biskupi pozostali we właściwej Armenii odnowili patriarchat w Eczmiadzynie.
W 1439 na Soborze Florenckim została odnowiona unia, jednak obejmowała jedynie stosunkowo niewielką liczbę Ormian.
W 1630 biskup lwowskiej eparchii Apostolskiego Kościoła Ormiańskiego Mikołaj Torosowicz złożył publicznie katolickie wyznanie wiary w lwowskim kościele Karmelitów, a następnie powtórzył je w 1635 przed papieżem Urbanem VIII, tym samym przywracając jedność z Rzymem i tworząc zalążek Kościoła katolickiego obrządku ormiańskiego.
W 1742 na prośbę arcybiskupa Abrahama Ardziwiana papież Benedykt XIV utworzył Kościół katolicki obrządku ormiańskiego, jednocześnie mianując go patriarchą z siedzibą w Bzommar w Libanie z jurysdykcją nad południową częścią Imperium Osmańskiego. Jego siedzibę przeniesiono czasowo do Konstantynopola, ale w 1928 powróciła do Bzommar.
Struktura i teraźniejszość Na czele Kościoła stoi Patriarcha Kościoła katolickiego obrządku ormiańskiego, wybierany przez synod biskupów Kościoła katolickiego obrządku ormiańskiego w sposób ostateczny.