Zasady wydatkowania środków Fundusz wydatkuje środki w oparciu o roczne plany finansowe opracowywane na podstawie Rządowego Programu Budowy Dróg i Autostrad w Polsce (program rzeczowo-finansowy dla inwestycji drogowych realizowanych z wykorzystaniem środków KFD opublikowany w Rozporządzeniu Rady Ministrów z dnia 4 stycznia 2005 (, z późn. zm.), Ze środków Funduszu finansowane są nie tylko wydatki inwestycyjne, ale także wydatki związane z przygotowaniem inwestycji. Krajowy Fundusz Drogowy jest narzędziem, które może zapewnić prefinansowanie tych projektów.
Fundusz jako istotne źródło finansowania dróg, powinien przede wszystkim finansować inwestycje realizowane z wykorzystaniem funduszy pomocowych Unii Europejskiej.
Wsparcie finansowe z UE dla realizowanych programów i przedsięwzięć infrastrukturalnych wzmaga zapotrzebowanie na środki krajowe, co wynika z konieczności współfinansowania konkretnych projektów, ale także z obowiązku prefinansowania przyznanych kwot z funduszy unijnych.