Środki Funduszu mogą być także przeznaczone na płatności na rzecz spółek z tytułu realizacji przez nie obowiązków wynikających z umowy o budowę lub eksploatację autostrady, obejmujące w szczególności: zwrot kosztów ponoszonych z tytułu zachowania nieprzerwanej dostępności autostrady, jej utrzymania i przejezdności, zmienne kwoty uzależnione od spełnienia przez spółkę wymogów określonych w umowie o budowę i eksploatacją albo wyłącznie eksploatacje autostrady, dopłaty udzielane spółkom na pokrycie całości lub części niedoborów bieżących przychodów z tytułu eksploatacji autostrady, w celu zapewnienia płynności wydatków związanych z bieżącą obsługą i spłatą kredytów lub pożyczek bądź obligacji wyemitowanych w związku z budową autostrady.
Począwszy od ostatniego kwartału 2005 roku, nowelizacja przepisów o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym nałożyła na KFD obowiązek wypłacania w trybie miesięcznym rekompensat dla operatorów autostrad płatnych za odstąpienie od poboru opłat za przejazdy pojazdów ciężarowych.