W trzech kolejnych startach (Val di Fiemme, Bad Mitterndorf) również zajmował czołowe lokaty, jednak nie zdołał wywalczyć podium. Siódme i piąte miejsce wywalczone podczas konkursów w Bad Mitterndorf dało mu szóste miejsce w klasyfikacji Pucharu Świata w lotach. Rathmayr był w gronie głównych faworytów przed Mistrzostwami Świata w Falun. Upadek podczas jednej z serii treningowych, w wyniku którego nabawił się wstrząsu mózgu, wykluczył Rathmayra ze startu w mistrzostwach. W jego miejsce sztab szkoleniowy zdecydował się powołać Martina Höllwartha, który zajął 16. miejsce w konkursie na skoczni normalnej. 6 marca 1993 w Lahti zajął 56. miejsce. Zrezygnował ze startu w trzech kolejnych konkursach, tracąc prowadzenie w klasyfikacji generalnej Pucharu Świata na rzecz Andreasa Goldbergera. Do rywalizacji powrócił w Planicy, zajmując 20. miejsce. Równa forma Jaroslava Sakali i Noriakiego Kasaiego pozwoliła im na wyprzedzenie Rathmayra na finiszu sezonu. Austriakowi zabrakło jednego punktu do podium klasyfikacji generalnej.