Później, będąc pod wpływem alkoholu, Genden mocno skarcił Stalina w mongolskiej ambasadzie – nazwał go „cholernym Gruzinem” i porównał go do cara. Po chwili wyrwał Stalinowi drewnianą fajkę i rozbił jąBaabar, B., History of Mongolia, 1999, , OCLC 515691746. s. 348.

W marcu 1936 Józef Stalin wraz ze wskazanym na następcę Gendena Chorlogijnem Czojbalsanem zorganizował walne zgromadzenie MPLR, które usunęło Gendena ze stanowiska premiera. W kwietniu 1936 Genden został pod pozorem udania się na leczenie wywieziony nad Morze Czarne, a 17 lipca 1937 aresztowano go pod zarzutem szpiegostwa na rzecz Japonii. Podczas śledztwa przyznał się do działań szpiegowskich i kontrrewolucyjnych. 25 listopada 1937 został skazany na śmierć przez Wojskowe Kolegium Sądu Najwyższego ZSRR pod zarzutem szpiegostwa i przygotowywania przewrotu państwowego w Mongolii i następnego dnia rozstrzelany w Moskwie; jego prochy złożono na Cmentarzu Dońskim. W Mongolii i ZSRR został ogłoszony wrogiem ludu. Zrehabilitowany został przez Wojskowe Kolegium Sądu Najwyższego ZSRR 15 grudnia 1956, a w Mongolii dopiero w latach ’90.