Milinović pojawił się na boisku 24 razy i strzelił 3 gole.
Milinović chciał jednak grać w mocniejszej lidze i występować w lepszym klubie, toteż na początku sezonu 2000/2001 podjął decyzję o przenosinach do Bundesligi, do zespołu VfL Bochum. Występował tam z dwoma innymi Chorwatami – Zoranem Mamicia, który był jego partnerem w bloku defensywnym i Marijo Mariciem, który grał na pozycji i zdobywał bramki dla drużyny z Bochum. W tym czasie w drużynie występowali też tacy zawodnicy jak Yıldıray Baştürk czy Delron Buckley. Niestety, pomimo tego drużyna zajęła ostatnie, 18. miejsce w lidze i spadła do 2. Bundesligi.
Milinović zagrał 20 razy w Bundeslidze, ale ani razu na niemieckich boiskach nie udało mu się trafić do siatki rywali. W związku z fatalną pozycją Bochum w poprzednim sezonie, sezon 2001/2002 zawodnik ponownie spędził w zespole NK Rijeka. Zagrał tam jednak tylko w rundzie jesiennej w której w 8 meczach zdobył 1 gola. Rijeka zajęła w końcowej tabeli 5. miejsce w lidze, ale zawodnik rundę wiosenną spędził już w stołecznym zespole NK Zagreb. NK Zagrzeb zaskoczyło jednak wszystkich – zdobyło mistrzostwo Chorwacji, co było pierwszym tak wielkim osiągnięciem w historii klubu. Mało zabrakło, a „Pjesnici” zdobyli by także Superpuchar Chorwacji. Nie sięgnęli jednak po niego, bowiem na Maksimirze przegrali 2:3.