Perony Stacja Kościerzyna posiada dwa perony wyspowe z 4 krawędziami. Perony są niezadaszone. Przejście na perony znajduje się na poziomie szyn, jednakże przejście jest zabezpieczone rogatkami sterowanymi przez dyżurnego ruchu.
Pozostałe budynki W obrębie stacji znajdują się nastawnie: dysponująca Kc i wykonawcza Kc1. Na stacji w Kościerzynie znajdują się semafory kształtowe oraz dwa dwukomorowe świetlne. Na stacji są również magazyn oraz ładownia, na której najczęściej pojawiają się składy z węglem.
Muzeum Kolejnictwa thumb|SP47-001 – jeden z eksponatów Muzeum Kolejnictwa w Kościerzynie
Obok stacji na terenie dawnej lokomotywowni znajduje się Muzeum Kolejnictwa, w którym znajdują się m.in.: SP47-001 (jedyny zachowany egzemplarz), Ok1, SR61 (jeden z dwóch skonstruowanych takich pojazdów), EW90-12 (jedyny zachowany pojazd z SKM w Trójmieście pochodzenia berlińskiego), Pu29-3 (jedyny egzemplarz najdłuższego parowozu polskiej konstrukcji), edukacyjny przekrój lokomotywy TKt48-179, wagon kolei linowo-terenowej z zakopiańskiej Gubałówki, parowóz towarowy TE 7175, który do 1985 pełnił służbę w obwodzie królewieckim.