Administracja w Persji Achemenidów Cyrus zaprzęgał na swoje potrzeby administrację, którą zastał w zdobytym kraju. Zarządzanie rozległym imperium zreformował dopiero Dariusz, który podzielił je na około 20 satrapii. Na ich czele postawił satrapów, najczęściej swoich krewnych lub przyjaciół. Ujednolicił system danin, nakładając na każdą prowincję daninę dostosowaną do jej możliwości (najczęściej satrapie płaciły ją w srebrze, ale często dostarczały też np. koni, eunuchów czy broni). By ograniczyć władzę satrapów, Dariusz ustanowił w każdej prowincji dowódcę garnizonu, który odpowiadał bezpośrednio przed królem.
Oficjalną stolicą imperium było za panowania Cyrusa i Kambyzesa Pasargady w Persji, ale głównym ośrodkiem administracyjnym była dawna stolica Medów, Ekbatana. Dariusz przeniósł oficjalną stolicę do Persepolis (kilkanaście kilometrów na południowy zachód od Pasargady), a administracyjną do Suzy w Elamie. Dariusz zadbał o sprawny system pocztowy, niezbędny w zarządzaniu tak rozległym imperium, i drogi. Najsłynniejszą z nich jest tak zwana Droga Królewska z Suzy do Sardes, licząca 2575 kilometrów.