Firlej wybudował wtedy nowy, murowany budynek zboru, który pod patronatem jego żony istniał do jej śmierci w 1661 roku.
W początkach 1649 na sejmie koronacyjnym mianowany decyzją Jana Kazimierza wbrew oporom izby poselskej jednym z trzech regimentarzyPozostałymi byli Stanisław Lanckoroński (hetman) i Mikołaj Ostroróg. (Ludwik Kubala Jerzy Ossoliński Wydanie 2 poprawione i uzupełnione przez autora, Warszawa, Ossolineum 1924, s.342), czasowo zastępujących wziętych do niewoli hetmanów wielkiego Potockiego i polnego Kalinowskiego. W lipcu i sierpniu 1649 z królewskiej nominacji był dowódcą wojsk broniących Zbaraża w trakcie jego oblężenia. Po ugodzie zborowskiej wyprowadził wojsko ze Zbaraża na leże zimowe. Jesienią 1649 roku był wraz ze Stanisławem Lanckorońskim wyznaczony do komisji, której zadaniem była likwidacja długów wojskowych. Król Jan Kazimierz w uznaniu jego zasług mianował go wojewodą sandomierskim po Władysławie Dominiku Zasławskim, który zwolnił ten urząd zostając wojewodą krakowskim.
Jego kazanie pogrzebowe wygłosił i opublikował pastor Krzysztof Padlewski pt.