W 1969 przeniósł się do Państwowej Wyższej Szkoły Pedagogicznej w Gdańsku, gdzie zorganizował zakład biochemii. W tym samym czasie został członkiem Komitetu do spraw organizacyjnych Uniwersytetu Gdańskiego. Rok później otrzymał stanowisko dyrektora Instytutu Biologii Uniwersytetu Gdańskiego i piastował to stanowisko przez pięć lat. W 1978 uzyskał tytuł profesora tytularnego Uniwersytetu Gdańskiego, był założycielem i organizatorem Wydziału Biologii. 31 maja 1984 został wybrany na rektora tej uczelni i miał pełnić tę funkcję w czasie kadencji trwającej od 1984 do 1987, ale ze względów politycznych został odwołany przez władze państwowe 27 listopada 1985. Przyczyną był udział Karola Taylora w pogrzebie studenta uczelni Marcina Antonowicza, który był ofiarą sił bezpieczeństwa, a na którym podczas przemowy domagał się ukarania sprawców. Od 1991 był profesorem genetyki molekularnej w Centrum Biologii Morza Polskiej Akademii Nauk.
Mąż Aliny z domu Syrtowtt (1927–2021). Ojciec Krystyny zamężnej Basińskiej, doktora nauk medycznych.
Zmarł w Gdańsku, pochowany na cmentarzu katolickim w Sopocie (kwatera C5-7-9)śp. Karol Taylor.