Następny sezon to sezon 2002/2003, który przeszedł do austriackiego zespołu, FC Kärnten. Zespół zajął dopiero 8. miejsce, ale zakwalifikował się do Pucharu UEFA, dzięki awansowi do finału Pucharu Austrii, gdzie w finale ulegli Austrii Wiedeń aż 0:3. W Pucharze UEFA swoje starty Kärnten zakończyło na 2 rundzie, gdzie przegrali po wyeliminowaniu łotewskiego zespołu Metalurgs Lipawa 4:2 i 2:0, warto zauważyć, że 3 z 6 zdobytych bramek w dwumeczu zdobył inny Chorwat, Stanko Bubalo. W następnej rundzie grali z izraelskim zespołem Hapoel Tel-Awiw z którym polegli w Klagenfurcie 0:4 i na wyjeździe, w Tel-Awiwie wygrywając 1:0. Pilipović ogółem pojawił się na boisku 19 razy, ale nie udało mu się ani razu trafić do siatki rywali. Renato nie był zadowolony z występów w lidze austriackiej i wrócił do Chorwacji i podpisał kontrakt z zespołem NK Zagrzeb. Sezon ten jednak był fatalny dla NK, które zajęło 11, przedostatnie miejsce w lidze, co oznaczało spadek do drugiej ligi. Nie powiodło się także w Pucharze Chorwacji, w którym odpadli po 1/8 finału po przegranej 0:3 z ojczystym klubem Pilipovicia, NK Rijeka. Pilipović zagrał w 23 meczach i zdobył 1 gola dla swojej drużyny. Następny sezon 2004/2005 Pilipović zaczął w zespole beniaminka ligi chorwackiej NK Pula. Zawodnicy z Puli w swoim premierowym sezonie w lidze chorwackiej, zajęli 10.