Autotools składa się z Autoconf, Automake i Libtool. Innymi narzędziami używanymi z GNU build system są GNU make, GNU gettext, pkg-config i GNU Compiler Collection (GCC).
GNU Autoconf
Autoconf generuje skrypt configure bazując na zawartości pliku configure.ac, który opisuje kod źródłowy. Uruchomiony skrypt configure skanuje środowisko kompilacji, a następnie generuje podrzędny skrypt config.status, który z kolei przetwarza pliki wejściowe, najczęściej Makefile.in, tworząc pliki wyjściowe (Makefile), które są właściwe dla danego środowiska kompilacji. Na koniec program make wykorzystując Makefile tworzy pliki wykonywalne z kodu źródłowego.
Złożoność narzędzi Autotools odzwierciedla mnogość warunków, w których kod źródłowy może być przetwarzany.
Jeśli zmieniony został plik z kodem źródłowym, wystarczy uruchomić make, który ponownie skompiluje część kodu źródłowego dotkniętego zmianą. Jeśli zmieniony został plik .in, należy ponownie uruchomić config.status i make. Jeśli kod źródłowy został skopiowany do innego komputera, należy ponownie uruchomić configure (który z kolei uruchamia config.status) i make.