(Z tego powodu kod źródłowy kompilowany za pomocą GNU build system jest rozpowszechniany bez plików generowanych przez configure.) Jeśli zostały przeprowadzone większe zmiany w kodzie źródłowym, potrzebne będą zmiany w plikach .in i configure.ac, a następnie wykonane kolejne kroki.
Aby przetworzyć pliki, autoconf wykorzystuje makroprocesor GNU m4.
Autoconf jest dostarczany z kilkoma pomocniczymi programami takimi jak: Autoheader, który pomaga zarządzać plikami nagłówkowymi. Autoscan, który wstępnie tworzy pliki wejściowe dla Autoconf. ifnames, który listuje identyfikatory preprocesora używane w programie.
GNU Automake
Automake pomaga tworzyć przenośne pliki Makefile, które następnie są przetwarzane przez program make. Jako dane wejściowe wykorzystywany jest plik Makefile.am, z którego tworzony jest plik Makefile.in, służący do wygenerowania Makefile za pomocą skryptu configure.
GNU Libtool
Libtool pomaga zarządzać tworzeniem statycznych i dynamicznych bibliotek na różnych systemach z rodziny UNIX. W tym celu Libtool wykorzystuje abstrakcję procesu tworzenia bibliotek, ukrywając różnice występujące na poszczególnych systemach (np.