W rywalizacji o puchar Stanleya zdobył 5 punktów w 5 meczach.
Po odpadnięciu Pingwinów z play-off, został wybrany 31 maja kapitanem drużyny i stał się tym samym najmłodszym (19 lat, 9 miesięcy i 24 dni) kapitanem w historii NHL.
Crosby otrzymał za ten sezon trzy nagrody - Ted Lindsay Award, Hart Memorial Trophy oraz Art Ross Trophy. Został też wybrany do pierwszej drużyny gwiazd NHL.
2007 - 2008 Przedłużył wygasający kontrakt z klubem do sezonu 2012/213, zgodnie z którym każdego roku miał otrzymywać kwotę 8,7 mln dolarów.
Jego trzeci sezon w NHL był zarazem pierwszym w roli kapitana Pingwinów. 20 grudnia w meczu przeciwko Boston Bruins zaliczył „Gordie Howe hat trick” (gol, asysta i bójka w jednym meczu). Starcie z obrońcą Bruins, Andrew Ferencem, było zarazem pierwszą walką Crosby’ego w karierze. Miesiąc później w meczu z Tampa Bay Lightning doznał zwichnięcia kostki, co na kilka tygodni wykluczyło go z gry (m.in. w Meczu Gwiazd). Powrócił 4 marca w spotkaniu z „Błyskawicami” i zaliczył asystę, jednak ze względu na odczuwalne skutki kontuzji zdecydował się na dłuższą przerwę w grze. Przez uraz opuścił w sumie 28 meczów, a w rozegranych 53 zdobył aż 72 punkty.