Przez następny rok Miranda pozostał na brytyjskich Karaibach, usiłując bezskutecznie zorganizować dalszą walkę.
Inwazja Napoleona na Półwysep Iberyjski (1807) zmieniła sytuację międzynarodową: Wielka Brytania popierająca plany Mirandy została sojusznikiem Hiszpanii. Miranda nie mógł już liczyć na wsparcie Brytyjczyków. Miranda w 1810 r. poznał w Londynie Simona Bolivara, który w tym czasie próbował zdobyć poparcie Wielkiej Brytanii dla rozpoczętej w tym roku na nowo walki o niepodległość Wenezueli. Po tym, jak Wenezuela uzyskała faktyczną niepodległość (19 kwietnia 1810), Simón Bolívar namówił Mirandę do powrotu do kraju. Miranda został generałem armii rewolucyjnej. Był także członkiem Kongresu, który 5 lipca 1811 r. ogłosił akt niepodległości Wenezueli.
Hiszpanie podjęli kontratak, co było początkiem wojny Wenezueli o zachowanie niepodległości (1811–1812). W marcu 1812 r. nastąpiło katastrofalne trzęsienie ziemi, które zniszczyło m.in. Caracas, a następnie z zachodniego wybrzeża Wenezueli ruszyła ofensywa rojalistów pod dowództwem Juana Domingo Monteverde. Miranda, obawiając się całkowitej klęski, podpisał 25 lipca 1812 w San Mateo zawieszenie broni z Hiszpanami. Bolivar i inni rewolucjoniści uznali poddanie się za zdradę i uniemożliwili Mirandzie próbę ucieczki z Wenezueli. Wydali go armii hiszpańskiej.