W październiku 1579 roku Mielecki zdobył w podobny sposób kreml Suski.
Okrucieństwo niemieckich wojsk zaciężnych podległych hetmanowi podczas tej wyprawy stało się powodem jego krytyki ze strony niektórych dowódców. Mielecki popadł w tym czasie w konflikt z hetmanem wielkim litewskim Mikołajem Radziwiłłem Rudym i kanclerzem wielkim koronnym Janem Zamoyskim. Również król zwrócił uwagę na jego zachowanie „szukając powodów do przygany i nie wiedzieć już czego ma żądać od hetmana”. Rozgoryczony postawą Batorego hetman złożył dowództwo i wycofał się na ponad rok z życia publicznego.
Ostatnie lata życia Pomimo krytyki ze strony głównodowodzących kampania połocka przyniosła Mieleckiemu wielką popularność wśród szlachty. Wojewoda podolski próbował to wykorzystać w 1581 roku podczas sejmu w Warszawie, w trakcie którego ponownie opowiadał się za wojną z Rosją. Nie przyniosło mu to jednak poparcia wśród magnaterii. Sejm oficjalnie pozbawił go też buławy hetmańskiej na rzecz Zamoyskiego.
Po 1581 roku Mikołaj Mielecki zaczął tracić wpływy na dworze królewskim na rzecz Jana Zamoyskiego. W 1585 na sejmie w Warszawie podjął starania pogodzenia się z królem i nowym hetmanem wielkim koronnym. Zabiegi te przerwała nagła śmierć wojewody w Krakowie.
Mikołaj Mielecki został pochowany w kościele parafialnym św.