Na początku stycznia 1978 otrzymali nominacje do pierwszej załogi misji Sojuz 29 – drugiego długotrwałego lotu na pokładzie Saluta 6. Lot odbył się w dniach 15 czerwca – 2 listopada 1978. 1979 – 30 stycznia został kosmonautą-instruktorem korpusu radzieckich kosmonautów. 1980–1981 – w 1980 Kowalonok początkowo miał być dowódcą pierwszej załogi radziecko-rumuńskiego lotu realizowanego w ramach programu Interkosmos, ale ostatecznie zaczął szkolenie w załodze z Wiktorem Sawinychem. Obaj pierwotnie byli dublerami Wiaczesława Zudowa oraz Borysa Andriejewa. Przed lotem Sojuza T-4, po zdaniu przez obie ekipy egzaminów, okazało się, że na Saluta 6 musi wyruszyć załoga złożona z doświadczonych kosmonautów. W ten sposób Kowalonok i Sawinych w dniach 12 marca – 26 maja 1981 mieli możliwość uczestniczenia w misji Sojuza T-4. 1982 – został dowódcą grupy kandydatów na kosmonautów. 1984–1986 – 23 czerwca opuścił oddział kosmonautów z uwagi na mianowanie na funkcję zastępcy naczelnika jednego z oddziałów Centrum Wyszkolenia Kosmonautów im. J. Gagarina zajmującego się przygotowaniem kosmonautów.