wraz z nim przybył młody warszawski fizyk teoretyk Antoni Raabe, z którym parę tygodni później Weyssenhoff zorganizował tajne seminarium dotyczące zagadnień relatywistycznej cząstki spinowej, a następnie prac badawczych w zakresie teorii fluidu spinowego i cząstki spinowej. Po aresztowaniu i śmierci Raabego w obozie koncentracyjnym w Oświęcimiu prace zostały przerwane, a ich wyniki ukazały się w 1946 r., najpierw w formie komunikatów jako listy do „Nature” i „Acta Physica Polonica”. W czasie okupacji Weyssenhoff brał udział w tajnym nauczaniu uniwersyteckim, wykładając na kompletach fizykę doświadczalną, egzaminując z fizyki teoretycznej przedwojennych studentów kończących konspiracyjnie studia i biorąc udział w komisjach egzaminów magisterskich i doktorskich. thumb|240px|Drużyna hokejowa AZS Wilno, 4 od lewej Jan Weyssenhoff
Po wyzwoleniu Krakowa w styczniu 1945 r. Weyssenhoff aktywnie uczestniczył w odnowieniu krakowskiego ośrodka akademickiego oraz odbudowie i rozbudowie krakowskiej fizyki. W 1947 r. wznowił wydawanie czasopisma „Acta Physica Polonica”, którego redaktorem naczelnym pozostał aż do śmierci. W latach 1960–1972 był również redaktorem „Postępów Fizyki”. W 1947 r.