1600 przyjął generał zakonu Franciszek a Sosa, a ostatecznie zatwierdził Zygmunt III w r. 1601. Od r. 1595 mógł już funkcjonować tymczasowy drewniany kościółek p.w. Św. Krzyża ; w r. 1600 stał już murowany kościół p.w. Znalezienia Św. Krzyża. Jego budowa raczej nie była wtedy zakończona, jeszcze w r. 1605 źródła notują wielu donatorów składających ofiary na wciąż budującą się świątynię. Zgodnie z miejscową legendą do budowy znacznie się przyczynili żołnierze wojsk koronnych i litewskich powracający przez Grodno po bitwie pod Kircholmem (1605) lub po zdobyciu Smoleńska (1611), którzy mieli ponoć podjąć uchwałę, by „każdy rycerz od kopyta końskiego dał po talarze na fundusz i fabrykę kościoła”.
Budynek został częściowo zniszczony w 1656 podczas najazdu moskiewskiego. Zespół kościoła i klasztoru wyremontowano i rozbudowano w latach 1679–1686. Prace częściowo sfinansował wojewoda wileński Michał Pac, który po uzyskaniu zgody na budowę na gruntach klasztoru drewnianego pałacu zobowiązał się zbudować domek loretański przy kościele. W 1680 roku zbudowano nowy ołtarz główny. W 1685 roku powstała obecnie istniejąca parawanowa fasadaDorota Piramidowicz, Materiały do dziejów sztuki sakralnej na ziemiach wschodnich dawnej Rzeczypospolitej, cz. IV, Kościoły i klasztory rzymskokatolickie dawnego województwa trockiego, t.