Okres powojenny Przed wkroczeniem wojsk sowieckich do Lwowa w 1944, wyjechał do Krościenka nad Dunajcem (odmówił ewakuacji do Niemiec), gdzie schronienia udzielił mu profesor Ludwik SitowskiLudwik Sitowski. ipsb.nina.gov.pl [dostęp 2019-02-15]. wraz z żoną Zofią z d. Dziewolską. W Krościenku prowadził laboratorium w ich przedwojennym pensjonacie, przy ul. Trzech Koron 6, do którego werbował okoliczną młodzież w ramach pomocniczego personelu, przez co wielu z nich uratował od łapanek. Kierownictwo lwowskiego laboratorium przeciwtyfusowego przejął po nim dr Henryk Mosing. Po zakończeniu wojny Weigl zamieszkał w Krakowie i kontynuował swoje badania i wytwarzanie szczepionki najpierw na Uniwersytecie Jagiellońskim, później – aż do emerytury w 1951 – na Uniwersytecie w Poznaniu. Zmarł nagle 11 sierpnia 1957 w Zakopanem. Został pochowany w alei zasłużonych na cmentarzu Rakowickim w Krakowie (kwatera LXVII-płn 2-8). thumb|Pomnik Rudolfa Weigla we Wrocławiu thumb|Grobowiec Rudolfa i Anny Weiglów Był zwalczany przez władze komunistyczne, które udaremniły przyznanie mu w 1948 Nagrody Nobla, do której był zgłoszony przez Akademię Szwedzką i był fałszywie oskarżany przez niektórych swoich współpracowników o kolaborację z Niemcami.