Życie prywatne Jego żoną od 1921 była Zofia z domu Kulikowska, z którą miał syna Wiktora (jedną z jego dwóch córek jest psycholog Krystyna Weigl-Albert). Rodzina zamieszkiwała w kamienicy rodziny Kulikowskich przy ulicy Wagilewicza 4 we Lwowie, a w połowie lat 30. zamieszkali na pierwszym piętrze wynajętej willi przy ulicy Ponińskiego 31 Przedruk z: . Zofia Weigl, podobnie jak inni członkowie jego rodziny, została jedną z pierwszych karmicielek wszy w zakładzie profesora. W 1939 wraz z profesorem do Abisynii wyjechała jego asystentka Anna Herzig (1899–1959), która później została jego drugą żoną.
Życiowymi pasjami Weigla były łucznictwo (nie startował w zawodach sportowych, ale osiągał wyniki na poziomie czołówki mistrzostw świata, trenując w każdej wolnej chwili na strzelnicy urządzonej w obiektach laboratorium we Lwowie), wędkarstwo oraz myślistwo, które uprawiał z zamiłowaniem od wczesnej młodości do sierpnia 1939, z biegiem czasu w towarzystwie swojego syna, Wiktora.