W czasie powstania, wraz ze swoim oddziałem, walczyła w ramach Zgrupowania AK „Radosław” na Woli, Starym Mieście i w Śródmieściu. W nocy z 31 sierpnia na 1 września przez kilkanaście godzin wraz ze swoim oddziałem błądziła po kanałach, próbując przedostać się do Śródmieścia. Następnie ciężko zachorowała, co przyczyniło się do podjęcia decyzji o wycofaniu się z dalszych walk. 23 września 1944 roku awansowała do stopnia majora.
Po upadku powstania warszawskiego płk Maria Wittek wyznaczyła mjr Gertz na komendantkę ok. 2 tys. kobiet-żołnierzy, maszerujących do obozów jeńców wojennych. Podczas odprawy płk Wittek nakazała mjr Gertz zatajenie stopnia wojskowego, by mogła trafić do stalagu i tam opiekować się kobietami-żołnierzami. Marsz ruszył 5 października 1944 roku. Mjr Gertz była jeńcem w: Lamsdorf, Mühlberg, Altenburg, Oflag IX C w Molsdorfie i Blankenheim. W Molsdorf 22 grudnia 1944 roku Niemcy uznali ją za polską komendantkę oflagu. Dzięki jej staraniom Niemcy przestrzegali przysługującym kobietom-żołnierzom praw należnych jeńcom wojennym. W Molsdorf do 22 grudnia 1944 roku pełniła funkcję polskiej komendantki obozu. Komendantką pozostała po wyzwoleniu oflagu przez wojska amerykańskie 13 kwietnia 1945 roku. Następnie przez krótki okres pełniła funkcję komendantki obozu w Burgu w Hesji.