W latach 1996–1999 Irvine dostał szansę startów we włoskiej ekipie Ferrari. Partnerem Brytyjczyka został dwukrotny mistrz świata, Niemiec Michael Schumacher, który pozostawił wyraźnie w cieniu swojego partnera. W pierwszych dwóch sezonach startów w ekipie z Maranello, Eddie nie radził sobie jednak najlepiej, czego powodem było wiele wypadków. Na dodatek przydarzyło mu się sporo awarii, przez które tracił w drastycznym tempie dystans punktowy do czołówki. W wyniku tych zdarzeń ukończył je na odległej 10. i 7. pozycji, w porównaniu z trzecią i drugą (ostatecznie Niemcowi ta pozycja została odebrana) Schumachera. W 1998 roku wyniki Eddiego wyraźnie się poprawiły, dzięki czemu pewnie zajął 4. miejsce, z ośmioma miejscami na podium.
W ostatnim sezonie współpracy z włoską ekipą Brytyjczyk po kontuzji lidera stajni Michaela podczas Grand Prix Wielkiej Brytanii, dostał niepodważalną szansę walki o tytuł mistrza świata. Już w pierwszym wyścigu sięgnął po zwycięstwo. Odbyło się to jednak w dość przyjaznych okolicznościach.