W kolejnych wyścigach Eddie jeździł w przeciwieństwie do poprzednich sezonów równo i konsekwentnie, a dzięki dużej pomocy partnera zespołu Schumachera, który powrócił po rekonwalescencji oraz problemom Miki Hakkinena w kilku wyścigach, do ostatniej rundy pozostawał liderem klasyfikacji generalnej (w głównej mierze dzięki Schumacherowi, wygrał przedostatnią eliminację o Grand Prix Malezji, przez co obaj o mało nie zostali zdyskwalifikowani). Podczas ostatniego wyścigu o Grand Prix Japonii jego największy rywal Hakkinen okazał się jednak bezkonkurencyjny i ostatecznie to on został mistrzem. Irvine w ostatniej rundzie zajął trzecią pozycję i ostatecznie drugą na koniec sezonu. Wygrał łącznie cztery rundy.
Sezon 1999 jest jednym z niewielu sezonów, w których rozstrzygnięcie w przypadku punktacji 10-8-6-5-4-3-2-1, byłoby inne. Gdyby taka punktacja (system ten wszedł w roku 2003) była w tym właśnie roku, Eddie Irvine zdobyłby tytuł.