Prototypy thumb|left|Prototyp V3 Ostatni prototyp, którego pierwszy lot odbył się 28 maja 1935 roku, napędzany był silnikiem Rolls-Royce Kestrel V12 o mocy startowej 695 KM (511 kW). Gaźnikowy silnik Junkers Jumo 210 A o mocy startowej 610 KM (449 kW) stał się jednostką napędową drugiego prototypu Bf 109 V2 ukończonego w styczniu 1936 roku. Uzbrojenie (2 karabiny maszynowe) zamontowano dopiero na trzecim prototypie Bf 109 V3 oblatanym w czerwcu 1936 roku. Także ten prototyp posłużył do prób z karabinem maszynowym, a następnie działkiem 20 mm strzelającym przez wał i piastę śmigła. Do wersji E nie usunięto trudności związanych z umieszczeniem km lub działka w wale śmigła, przede wszystkim nadmiernych drgań przenoszonych na silnik w trakcie strzelania, które mogły spowodować jego trwałe uszkodzenie. Pierwsze prototypy służyły także do poszukiwania najbardziej efektywnego i skutecznego układu chłodzenia silnika. Pierwsza publiczna prezentacja nowego samolotu myśliwskiego odbyła się podczas Igrzysk Olimpijskich w sierpniu 1936 roku. Do przelotu nad Berlinem i wykonania akrobacji lotniczej użyto Bf 109 V2.
Bf 109 A Anton Prawdopodobnie nazwa zarezerwowana dla 10 pierwszych egzemplarzy serii próbnej.