Zbudowano 2 egzemplarze. A-3a – planowana wersja szturmowa. A-4a – wersja rozpoznawcza. A-5a – ostateczna wersja rozpoznawcza używana bojowo pod koniec wojny w niewielkiej liczbie egzemplarzy.
Me 262B thumb|Me 262B-1a/U1, myśliwiec nocny przebudowany z wersji szkolno-treningowej thumb|Silnik Jumo 004 thumb|Nakajima J9Y – japońska wersja Me 262 B-1a – dwumiejscowa wersja szkolno-treningowa. B-1a/U1 – dwumiejscowa wersja myśliwca nocnego z radarem FuG 218 Neptun, zaadaptowana z maszyny szkolno-treningowej w niewielkiej liczbie egzemplarzy (od marca 1945). B-2 – planowana wersja myśliwca nocnego ze wzmocnionym kadłubem.
Me 262C-E C-1a – prototypowa wersja myśliwca przechwytującego wyposażonego w dodatkowy przyspieszający silnik rakietowy Walter zamontowany w ogonie maszyny. Zbudowano 1 egzemplarz. C-2b – prototypowa wersja myśliwca przechwytującego wyposażonego w dodatkowe przyspieszające silniki rakietowe BMW zamontowane w gondolach silników odrzutowych. Zbudowano 1 egzemplarz. C-3a – prototypowa wersja myśliwca przechwytującego wyposażonego w dodatkowe przyspieszające silniki rakietowe Walter zamontowane pod kadłubem maszyny.