Panowanie Jerzego z Podiebradów Sytuacja w pewnym stopniu uległa poprawie po przejęciu władzy przez Jerzego z Podiebradów. Mimo że ograniczył on władzę Kościoła, Rokycana w swych publicznych wypowiedziach opowiedział się za jego elekcją. Arcybiskup początkowo udzielił poparcia polityce prowadzonej przez Jerzego i nakazał dzwonić we wszystkich kościołach na znak pojednania. W odpowiedzi król rozważał kandydaturę jego osoby jako reprezentanta Kościoła oraz uczęszczał naprzemiennie na msze Rokycany i msze w katedrze św. Wita.
W 1461 Jerzy z Podiebradów zaczął zabiegać o tron Świętego Cesarstwa Rzymskiego, który z pewnością miał być wykorzystany na korzyść husytyzmu. Wówczas jednak Rokycana wypowiedział się w kazaniu przeciwko królowi. 7 lutego 1465 odbył rozmowy z królewskimi ministrami, zakończone zobowiązaniem, że król nawiąże ponownie współpracę z Kościołem.
Rok później, w 1466 Rokycana doznał udaru mózgu, po którym miał trudności z mówieniem. Zmarł 21 lutego 1471 roku i pochowany został w Pradze, w kościele Marii Panny przed Tynem, z którym przez wiele lat był związany.
Jan Rokycana jest jednym z epizodycznych bohaterów powieści historyczno-fantastycznej Andrzeja Sapkowskiego Boży bojownicy, stanowiącej drugi tom tzw.