Pomysłem zaczerpniętym z projektu A 48, były hamulce aerodynamiczne montowane pod kadłubem, pomagające wyprowadzić maszynę z pikowania.
thumb|Widoczne na zdjęciu charakterystyczne „złamane” skrzydła Stuki
RLM było niezadowolone z tego, że w Ju 87 montowano brytyjskie silniki. Pod koniec 1935 roku, Junkers zaproponował instalację rodzimego silnika rzędowego Daimler-Benz DB 600, jednak wersja końcowa została wyposażona w silnik Jumo 210. RLM zaakceptowało to rozwiązanie, ale tylko jako tymczasowe. Poprawki projektu rozpoczęto 1 stycznia 1936. Z powodu śmierci głównego pilota Junkersa – Neuenhofena, testy prototypu zostały przełożone o około 2 miesiące do czasu znalezienia odpowiedniego pilota.
Drugi prototyp z rejestracją D-UHUH również dręczyły różne problemy. Usunięto podwójny statecznik, kosztem stabilności. Słaby silnik DB 600 zamieniono na BMW Hornet. Wszystkie te poprawki opóźniały testy zaplanowane na 25 lutego 1936. W marcu 1936, drugi prototyp nazwany V2, otrzymał jednostkę Jumo 210Aa, która rok później została zastąpiona mocniejszą Jumo 210G (W.Nr. 19310). Dopiero trzecia prototypowa maszyna, V3 o numerze rejestracyjnym D-UKYQ otrzymała płytowe hamulce aerodynamiczne pozwalające zmniejszyć prędkość nurkowania samolotu. Obniżono również silnik polepszając w ten sposób widoczność z kabiny.