Celem konstruktorów było wykorzystanie jak największej ilości części z Ju 88 i Ju 188, które były w seryjnej produkcji. Aby skrócić czas osiągnięcia przewidzianego pułapu zrezygnowano z powiększenia skrzydeł, co było typowym rozwiązaniem w samolotach wysokościowych. Konstrukcje skrzydła i usterzenie zostały całkowicie przejęte z poprzednich modeli z minimalnymi zmianami. Zwiększenie prędkości można było osiągnąć dzięki całkowicie przeprojektowanemu dziobowi kadłuba, co poprawiło własności aerodynamiczne samolotu. W porównaniu z Junkersem Ju 188 maszyna różniła się także zastosowaniem silników wysokościowych z czterołopatowymi śmigłami, montażem kabiny ciśnieniowej z klimatyzacją, pokładową grzałką do odladzania lameli poziomych oraz niezabezpieczonym zbiornikiem paliwa o pojemności 500 litrów wbudowanym w konstrukcję skrzydła z wentylem na zewnętrznej krawędzi skrzydła do szybkiego spustu paliwa. Dla obrony na końcu kadłuba zainstalowano zdalnie sterowaną tylną wieżyczkę z podwójnie sprzężonymi karabinami maszynowymi MG 131 kaliber 13 mm.