Do celowania służył peryskopowy celownik PVE 11 z widokiem ponad i pod kadłubem samolotu.
Wersje Planowano budowę trzech wersji Ju 388: seria J – jako nocny myśliwiec seria K – jako bombowiec wysokościowy seria L – jako samolot rozpoznawczy na dużych wysokościach.
Każda z serii ze względu na zastosowany silnik była podzielona na trzy podgrupy: 1. z silnikami BMW 801 TJ zaopatrzone w turbosprężarkę na gazy spalinowe 2. z silnikami własnymi Junkersa Jumo 222 E/F, które miały zapewnić prędkość 700 km/h na wysokości 11 000 m 3. z silnikami własnymi Junkersa Jumo 213 E, które zapewniały największy zasięg dzięki niskiemu zużyciu paliwa.
Produkcja W Dessau zbudowano sześć prototypów, po dwa Ju 388 J-1, K-1 i L-1 oraz Ju 388 L-0/V7, który jako pierwszy Ju 388 wzbił się w powietrze 22 grudnia 1943. Junkers wyprodukował również przedseryjne bombowce K-0 i samoloty rozpoznawcze L-0 z dużych elementów Ju 188, które zostały przejęte z bieżącej produkcji seryjnej. Do końca listopada 1944 wyprodukowano 15 Ju 388 L-0, głównie w Merseburgu, i siedem Ju 388 K-0;