pierwotnie planowano 50 K-0, ale niektóre z nich zostały przerobione na rozpoznawcze, a kilka maszyn zostało zniszczonych podczas bombardowań, zanim ostatecznie zostały ukończone w Merseburgu. Nocny myśliwiec Ju 388 J i bombowiec w wersji K nie były produkowane seryjnie. Tylko samolot rozpoznawczy L-1 został zbudowany w małej serii, w sumie 66 samolotów w ATG (Allgemeine Transportanlagen-Gesellschaft) w Lipsku i Weserflug (Weser-Flugzeugbau GmbH) w Legnicy na Dolnym Śląsku. Tylko nieliczne Junkersy Ju 388 zostały wysłane do jednostek frontowych Luftwaffe. Nie jest jasne, czy brały udział w misjach bojowych.
Zachowane egzemplarze Zachował się pojedynczy Ju 388 o numerze seryjnym 560049, który w maju 1945 wpadł w ręce amerykańskich sił zbrojnych w Merseburgu. Stamtąd dotarł najpierw przez stacje pośrednie w Kassel i Cherbourg do Dayton w stanie Ohio, gdzie przeprowadzono testy w locie na Wright Field. Obecnie znajduje się w Paul E. Garber Preservation, Restoration and Storage Facility, będącym częścią Narodowego Muzeum Lotnictwa i Przestrzeni Kosmicznej (US National