Północno-zachodnia część księstwa miała charakter wyżynny (wzniesienia do 481 m n.p.m.) stanowiąc południowy skrawek Wyżyny Krakowsko-Częstochowskiej. Do najwyższych wzniesień należały: Stara Cisowa (też Czyżowa Góra, 474 m), Kowalska Góra k. Filipowic (443 m), Biała Góra (455 m) i Ostra Góra k. Psar (438 m). Na południe od Trzebini i Krzeszowic rozpościerało się inne pasmo wzniesień, Grzbiet Tenczyński, osiągające 411 m. Południowo-wschodnia część księstwa, leżąca w dolinie Wisły, miała głównie charakter nizinny.
Podział administracyjny W latach 1853/54 dokonano reformy administracyjnej Galicji i Wielkiego Księstwa KrakowskiegoZiemia chrzanowska i Jaworzno, Wydawnictwo Literackie, Kraków 1969, s. 161.. Efektem tej reformy był podział prowincji na powiaty. Wielkie Księstwo zostało początkowo podzielone na 6 powiatów: chrzanowski, krakowski, krzeszowicki, lisiecki, jaworznicki i mogilski a od 1867 podział zredukowano do 2 powiatów, chrzanowskiego i krakowskiego, włączając powiaty krzeszowicki i jaworznicki do chrzanowskiego, pozostałe do krakowskiegoMariusz Paździora: Atlas historyczny ziemi chrzanowskiej, Chrzanów 2018, s. 38.. W takim kształcie administracyjnym Wielkie Księstwo przetrwało do 1918. Początkowo prowincja miała 4 miasta: Kraków, Chrzanów, Trzebinia (od 1817) i Nowa Góra.