Rozpoczął się okres germanizacji: język niemiecki jako urzędowy zastąpił dotychczas używany język polski. Zgermanizowano też jedyną wyższą uczelnię Wielkiego Księstwa – Uniwersytet Jagielloński. Wkrótce po gwałtownych wypadkach politycznych towarzyszących utworzeniu Wielkiego Księstwa nastąpiły dalsze. W 1848 na wieść o wybuchu rewolucji w Wiedniu do podobnych wydarzeń doszło w samym Krakowie. Wydarzenia te, które przeszły do historii jako Wiosna Ludów, zapoczątkowała demonstracja studentów przed Uniwersytetem Jagiellońskim. W wyniku dalszych wystąpień władze austriackie zostały zmuszone do uwolnienia więźniów politycznych w Krakowie. Komisarz Deym opuścił jednak miasto, w którym dochodziło do radykalizacji nastrojów społecznych. Domagano się udzielenia pozwolenia na powstanie Gwardii Narodowej. Austriacy zmuszeni sytuacją udzielili takiego pozwolenia, ale odmówili wydania gwardii uzbrojenia. W końcu do miasta ściągnięto wojsko austriackie, które dokonało pacyfikacji Krakowa. Na początku mieszkańcy Krakowa wyparli oddziały austriackie z miasta, lecz później zaczęły one bombardować Kraków z Wawelu, zmuszając powstańców do kapitulacji. Wydarzenia Wiosny Ludów w W. Ks. Krakowskim były ostatnim zrywem militarnym mieszkańców aż do czasów I wojny światowej.